Som minimum kræver GNU/Linux en partition for sig selv. Du kan have en enkel partition, der indeholder hele operativsystemet, programmer og dine personlige filer. Manage mener også at en separat swap-partition er nødvendig, selvom det ikke helt er korrekt. “Swap” er midlertidig plads for et operativsystem, hvor systemet kan bruge disklageret som “virtuel hukommelse”. Ved at placere swap på en separat partition kan Linux gøre mere effektiv brug af den. Det er mulgit at tvinge Linux til at bruge en normal fil som swap, men det anbefales ikke.

De fleste vælger dog at give GNU/Linux mere end det minimale antal partitioner. Der er to årsager til at du måske ønsker at bryde filsystemet op i et antal mindre partitioner. Den første er sikkerhed. Hvis der sker noget, der ødelægger filsystemet, så bliver kun en partition påvirket. Du kan derfor erstattte (fra sikkerhedskopier som du omhyggeligt har opbevaret) en del af dit system. Som minimum bør du overveje at oprette hvad der kaldes for en “rodpartition”. Denne indeholder de væsentligste komponenter for dit system. Hvis andre partitioner bliver ødelagt, så kan du stadig starte op i GNU/Linux for at rette systemet. Dette kan spare dig for problemerne ved at skulle geninstallere systemet fra bunden af.

Den anden årsag er generelt mere vigtigt i en forretningsmæssig opsætning, men afhænger reelt af din brug af maskinen. For eksempel, kan en postserver der spammes med e-post nemt fylde en partition op. Hvis du har gjort /var/mail til en separat partition på postserveren, så vil de meste af systemet stadig fungere, selv om du bliver spammet.

Den eneste ulempe ved at bruge flere partitioner er, at det ofte er svært at vide på forhånd, hvad dine behov bliver. Hvis du laver en partiion for lille, så skal du enten geninstallere systemet eller du må konstant flytte rundt på filer for at gøre plads ledig på den for lille partition. På den anden side, hvis du gør partitionen for stor, så spilder du plads, som kunne bruges andre steder. Diskplads er billig nu om dage, men hvorfor spilde sine penge?